Die ältesten Spuren der Pfarrkirche gehen auf auf die Zeit um 600 n. Chr. zurück. Die heutige Kirche wurde 1936/37 unter Einbeziehung des spätgotischen Chores der Vorgängerkirche errichtet. Sehenswert sind vor allem der spätgotische Chor, der seit 1987 als Werktagskapelle genutzt wird.

Der Altarraum wird geprägt vom Altarbild von Renate Gier (Wachscollage aus zwölf verfloch- tenen Seidenfilzbahnen, 1997).
Auf diesem sind Texte der beiden Patrone Petrus (1 Petr. 2,1-10) und Paulus (1 Kor. 13) sowie der Auferstehungstext nach Mathäus (in doppelter Schriftgröße) dargestellt. Petrus und Paulus, der Hahn und das Pferd, erscheinen in den Ecken.
Zwei Lebensgeschichten, gekennzeichnet durch Brüche, Verblendung und Schuld und geheilt durch den Glauben an Jesus Christus, vergoldet durch die Auferstehung.

Unter den bisher bekannten Kirchenbauten des Frühmittelalters in Bayern nimmt Aschheim eine Sonderstellung ein. Anhand der Emmeramsvita ist Aschheim als erster Begräbnisort des Missionars belegt; gleichzeitig ist dort mit St. Peter das Patrozinium der ersten Kirche am Ort erwähnt – ein seltener Fall für diese Zeit. Die Patroziniumserweiterung auf St. Peter und Paul ist erstmals 1524 bezeugt.

1976/77 gruben Archäologen die sechs Vorgängerbauten der heutigen Kirche frei, zurück bis zu den Spuren der ersten Holzkirche in der Zeit um 600 n. Chr. Die Gemeinde Aschheim hat Fundamente bzw. Pfostenlöcher der Vorgängerkirchen sichtbar gemacht.

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